Yes, but it will take two months to complete. Is that okay?
できますが、焼き物が完成するまで2か月かかります。よろしいでしょうか？
相手の質問にまず Yes と答え、次に「でも……ですよ」と注意点をつなげる。この Yes, but ... は非常に頻繁に使われるコンビネーションです。it は｢受ける｣単語。ここでは相手の発言 making pottery（焼き物を作る）を受けています。take は「（手に）取る」から「時間を取る＝かかる」。ですから「2か月かかるよ」となります。さらに、何をするのに2か月なのか、補助的な説明を to 不定詞で加えます。「complete（完了する）には、ね」。that は it とはまるで雰囲気が違います。that は「完成には2か月かかる」という自分の発言をしっかり指して「それでよろしいでしょうか」。
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