This is the original site, but this castle was rebuilt about 50 years ago.
ここは昔から城があった場所ですが、この城はおよそ50年前に再建されたものです。
site は「場所」。場所一般を表す place とは異なり、「何かが起こる(起こった)」場所。建物が建てられたり、重大な出来事が起こったり、そうした場所のことです。but 以降は受動態の形。主語を説明する「説明型」です。rebuild(建て直す)の過去分詞 rebuilt で主語を説明する意識で作られています。過去であることが be 動詞の過去形で示されていることに注意しておきましょう。