It's a shrine. You can often judge whether it's a temple or a shrine by the presence of a torii gate.
神社ですよ。鳥居があるかどうかで、たいていは寺か神社か見分けることができます。
相手の this を it で受けて「神社です」と始めています。it は「それ」と指す単語ではありません。日本語でも「これは神社ですか、寺ですか」と問われたら「（相手の発言を受けて）神社ですよ」と答えるはず。日本語には現れない「受ける」単語、それが it なのです。次文の judge は「判断する」。or を使って「A か B か」を表しています。「寺なのかそれとも神社なのかを判断できる」となります。by は HOW（方法）を表す前置詞。presence（存在）によって判断できるということになります。
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