何かの間違いに違いありません。
There must be ... は、「~があるに違いない」という意味で、助動詞 must は「~に違いない」を表します。There must be a mistake. は、状況から判断して何らかの間違いがあるようだと認める表現ですが、何が原因でどのような問題か、ということには直接触れていません。問題の原因がどちらにあるかがはっきりしない状況で、There is a mistake.(間違いがあります)や There was a mistake.(間違いがありました)と断言することはできません。まずは、There must be a mistake. と言って、いったん状況を引き受けたあと、Let me check.(確認させてくださいね)などと続けられると、よりスマートな対応になります。