その通りかもね。
you have a point は「あなたは要点を持っている」→「要点をついている」ということです。全体として、「きっとあなたは要点をついているね」→「その通りかもね」「もっともだ、一理ある」という意味になります。最初は、別の意見を持っていたところに、相手の言うことを聞いて納得した場合などに使います。I guess よりももう少し確信を持って、あなたの言っていることは一理ある、と言う場合には I think you have a point. と言うことができます。I guess のほうが「かもしれない」というニュアンスが強い表現です。
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