はい。しかし状況次第で出航できないかもしれません。念のため、事前に電話で確認してください。

We are, but depending on the conditions, we may not be able to depart. Please call ahead just to be sure.

depending on は「～次第で・～によって」。「上に乗っている」を表す on が「支える」イメージで使われています。on 以下に「基づいて（支えられて）コントロール・決定される（depend）」、ということです。condition は「状況・（気象）条件」。may not be able to は「できないかもしれない」。助動詞は重ねて使うことができません。may not can は不可。depart は空港の departure（出発）でご存じの方も多いでしょう。ahead は「前に→事前に」。to be sure は「確認・確信するために」。just は「それだけでいいんですよ」と意味を軽くしています。