In the end, it does matter whether you have a good product or not.
結局は優れた製品があるかどうかが間違いなく重要なのです。
In the end は「結局は」という意味。そして、強調語のdoesを使ったit does matterは「間違いなく重要である」という意味です。この表現では、重要な点をwhether you have a good product or not「優れた製品があるかどうか」と続けて説明しています。whether A or not は「Aであるかそうでないか」という形で使われますが、最後のor notを省略する場合もあります。
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